ExPASy的ps_scan在linux下的简明配置指南

配置数据库

下载数据库

wget -c  
ftp://ftp.expasy.org/databases/prosite/release_with_updates/prosite.dat

给一个文件夹$PROSITE的环境变量,然后把prosite.dat放在$PROSITE/里头。例如我把 prosite.dat放在/home/sun/psscan/下 <code>export PROSITE=“/home/sun/psscan”</code>

配置软件

下载软件

wget -c  
ftp://ftp.expasy.org/databases/prosite/tools/ps_scan/ps_scan_linux_x86_elf.tar.gz

解压缩

tar -zxvf /home/sun/ps_scan_linux_x86_elf.tar.gz -C /home/sun/ps_scan/ 

得到psscan文件夹中有如下文件:LICENSE,pfscan,pfsearch,psa2msa,ps scan.pl, README, README.prf. 其中LICENSE是该软件的协议,pfscan, pfsearch, psa2msa三个文件是可执行文件,ps_ scan.pl是perl脚本,两个README是使用指导。

把三个可执行文件放进$PATH文件夹。

sudo cp pfscan /usr/local/bin/
sudo cp pfsearch /usr/local/bin/
sudo cp psa2msa /usr/local/bin/
运行软件
perl ps_scan.pl [options]

这里你需要处于ps_scan.pl所在的目录下,至于数据库,由于前边设置过环境变量,软 件会自动找到。当然你也可以在[options]的后头接上数据库的文件。[options]的参数 可以在README里头找到。

如果你想以后用起来更方便,可以把psscan.pl也放进$PATH里。 <code>chmod 777 psscan.pl</code>

sudo cp ps_scan.pl  /usr/local/bin/ps_scan

这样一来,以后只要输入 psscan 即可运行psscan.pl这个脚本。