ExPASy 的 ps_scan 在 linux 下的简明配置指南

配置数据库

下载数据库

wget -c
ftp://ftp.expasy.org/databases/prosite/release_with_updates/prosite.dat

给一个文件夹$PROSITE 的环境变量，然后把 prosite.dat 放在$PROSITE/里头。例如我把 prosite.dat 放在/home/sun/ps _scan/下 export PROSITE=“/home/sun/ps_scan”

配置软件

下载软件

wget -c
ftp://ftp.expasy.org/databases/prosite/tools/ps_scan/ps_scan_linux_x86_elf.tar.gz

解压缩

tar -zxvf /home/sun/ps_scan_linux_x86_elf.tar.gz -C /home/sun/ps_scan/

得到 ps scan 文件夹中有如下文件：LICENSE，pfscan，pfsearch，psa2msa，ps scan.pl, README, README.prf. 其中 LICENSE 是该软件的协议，pfscan, pfsearch, psa2msa 三个文件是可执行文件，ps_ scan.pl 是 perl 脚本，两个 README 是使用指导。

把三个可执行文件放进$PATH 文件夹。

sudo cp pfscan /usr/local/bin/


sudo cp pfsearch /usr/local/bin/


sudo cp psa2msa /usr/local/bin/

运行软件

perl ps_scan.pl [options]

这里你需要处于 ps_scan.pl 所在的目录下，至于数据库，由于前边设置过环境变量，软 件会自动找到。当然你也可以在[options]的后头接上数据库的文件。[options]的参数 可以在 README 里头找到。

如果你想以后用起来更方便，可以把 ps _scan.pl 也放进$PATH 里。 chmod 777 ps_scan.pl

sudo cp ps_scan.pl  /usr/local/bin/ps_scan

这样一来，以后只要输入 ps scan 即可运行 ps scan.pl 这个脚本。